La nueva búsqueda se inicia poco después de la finalización de la anterior. Django y el Maestro Otenko vuelven a su pueblo natal, San Miguel, tras limpiar Istrakan - La Ciudad de la Muerte - de sus vampiros (los inmortales a.k.a.). Django y el Maestro Otenko esperaban un recibimiento de héroes, pero en su lugar se encuentran con que los habitantes se han convertido en zombies.

Una vez más, el poder de la luz del Sol es utilizado para purificar a los inmortales. Además de su pistola solar, Django dispone de una nueva arma que le ayudará a eliminar a los chicos malos, un martinete. La luz solar es capturada por un sensor de luz que incorporará el pack del juego que funcionará conjuntamente con el reloj interno de la Game Boy Advance para calcular la hora del día. Durante la luz del día será más seguro cazar zombies ya que ellos serán débiles. La cosa cambiará cuando oscurezca, aunque eso sin duda hará el juego más interesante.

Éste es un trabajo espeluznante que puede volverse muy duro, con lo que si tienes miedo de ir solo podrás conectarte con tus amigos a través del Link Cable de Game Boy Advance. Entre 2 y 4 jugadores podrán plantarles cara a los Inmortales.

Finalmente, Boktai 2 es compatible con el título de Capcom Mega Man Battle NetworkTM 5, también para Game Boy Advance. Usando el adaptador Wireless (se venden por separado), podrás entablar una "Batalla Cruzada" contra un nuevo protagonista llamado ShadeMan.  Con las Batallas Cruzadas podrás ganar "Puntos Cruzados" que podrán ser intercambiados por armaduras en Boktai 2.