Yu-Gi-Oh!? Dungeondice Monsters se basa en una historia que se estrenó en la serie televisiva de dibujos animados. Con sus habilidades para el duelo, los jugadores tienen la misión de recuperar un dado especial que se necesita para derrotar a diversos adversarios cada vez más poderosos. Según avanza el juego, se revela que los dados poseen poderes místicos y mágicos que son esenciales para salvar el universo, pero antes hay que enfrentarse al intrigante creador de los Dungeondice Monsters: el eternamente malvado Duke Devlin?