Metal Gear Solid 3: Snake Eater aleja a Solid Snake, el héroe de la serie, de las bases militares y científicas de las anteriores misiones; el nuevo escenario del juego en la jungla ofrece gran número de novedosas oportunidades de juego. Así, Kojima-san ha sacado tiempo de su apretado programa de desarrollo para destacar el nuevo sistema de camuflaje del juego, 'Camouflage Index', o el mecanismo de combate cuerpo a cuerpo totalmente nuevo 'CQC'; también ha confirmado que Metal Gear Solid 3: Snake Eater contará con un revolucionario sistema de captura de movimientos.