Apartándose de las calles envueltas en niebla de los dos primeros juegos, Silent Hill 3 se centra en un nuevo personaje femenino. Cuando Heather, una dulce adolescente, acude a su centro comercial local, su vida se vuelve patas arriba. Cuando está a punto de irse, las tiendas y los luminosos pasillos se transforman en un lugar oscuro e inquietante, en el que se escuchan sonidos estremecedores que resuenan en los pasillos vacíos, y se ven fugazmente criaturas deformes y sombras que pasan volando.